Batman - Ninja filminin yönetmen koltuğunda Junpei Mizusaki oturmaktadır. Batman - Ninja filminin senaryosunu ise Kazuki Nakashima kaleme almıştır. Filmin oyuncu kadrosunda ise Kouichi Yamadera , Wataru Takagi , Rie Kugimiya , Ai Kakuma , Hochu Otsuka , Daisuke Ono , Akira Ishida , Kengo Kawanishi , Yuuki Kaji , Junichi Suwabe gibi isimler yer almaktadır. Batman, Arkham Asylum'da Gorilla Grodd'la savaşırken Grodd'un zaman değiştiren makinesi Quake Engine tarafından yakalanır ve feodal Japonya'ya gönderilir. Orada Joker için çalışan samuraylar tarafından kovalanıyordur. Batman kaçarken Catwoman ile tanışır. Catwoman, Batman'in Quake Engine'den etkilenen en dış bölgede olması nedeniyle herkesten iki yıl önce geldiğini açıklar. Ona Gotham Şehri'nin en büyük suçlularının Sengoku Daimyo'yu Daimyo olması için kandırdıklarını söyler. Tek bir devlet kalana kadar birbirleriyle savaşacaklardır. Kötü adamların tarihi değiştirmesini engellemek için Batman ve Catwoman'ın Arkham Kalesi'nin Quake Engine'ine ulaşması gerekmektedir. Batman, Alfred Pennyworth'un da geçmişte var olduğunu keşfeder ve Edo'nun dışında bir Yarasa Mağarası inşa eder. Joker'in güçleri sığınağa saldırırken Batman, Batmobil'i robot kalesine dönüştürülen Arkham Kalesi'ne doğru sürüyor. Batman, Joker'le yüzleşirken oradan ayrılmak zorunda kalır ve aşağıdaki robotun elleri tarafından ezilen bir anne ve çocuğunu kurtarır. Smobane'i yenmek ve robot eli durdurmak için Batcycle'ı zırhlı bir giysiye dönüştürür. Ancak daha sonra annesinin kılık değiştirmiş Harley Quinn olduğunu öğrenir. Batman, Joker'in yandaşları tarafından kuşatılmıştır. Hida Bat klanından Eian liderliğindeki ninjalar tarafından kaçırılır. Batman, Yarasa Ailesi'nin Nightwing, Red Hood, Red Robin ve Robin'in buraya getirilmesine yardım ettiğini ve ailenin uzaylı Bat-Ninja'nın Dünya'ya düzeni yeniden getireceğine dair bir kehaneti takip ettiğini öğrenir.
